O Programa Nacional Mulheres Mil foi instituído pela Portaria do MEC Nº 1.015 de 21/07/2011, com o objetivo de oferecer as bases de uma política social de inclusão e gênero para que mulheres em situação de vulnerabilidade social tenham acesso à educação profissional, ao emprego e renda. O Programa Mulheres Mil faz parte das ações do programa Brasil Sem Miséria, articulado com a meta de erradicação da pobreza extrema, estabelecida pelo governo federal.
No IFMT, as atividades do programa começaram no ano de 2011 com os campi Cáceres, Confresa e Cuiabá-Bela Vista, onde foram matriculadas 335 mulheres e, destas, 212 se formaram. Em 2012, os campi Juína, São Vicente e Sorriso matricularam 190 mulheres, sendo que 120 concluíram o curso.
Com a Portaria MEC Nº 168 de 07/03/2013, o Programa Mulheres Mil passou a ser executado via Bolsa Formação do Programa Nacional de Acesso, Permanência e Êxito – PRONATEC. Após essa mudança, o IFMT passou a ofertar 1.412 vagas, em 2014, do Programa Mulheres Mil em 15 dos 16 campi existentes. São eles: Alta Floresta, Barra do Garças, Cáceres, Campo Novo do Parecis, Confresa, Cuiabá-Bela Vista, Cuiabá-Octayde Jorge da Silva, Diamantino, Juína, Primavera do Leste, Pontes e Lacerda, Rondonópolis, São Vicente, Sorriso e Tangará da Serra.